2025年1月1日至3月31日，单位可通过自然人电子税务局(扣缴端)“退付手续费核对”模块申请办理2024年度个人所得税扣缴手续费退付。具体的操作流程，下文有介绍。
一、登录自然人电子税务局(扣缴端)。
二、点击左侧菜单“退付手续费核对”，进入“退付手续费核对”界面，系统自动弹出确认信息提示框，点击【我知道了】，系统自动带出单户核对清册。
三、勾选单户核对清册，点击【下一步】。
四、查看并确认结报单，查看申请退付手续费金额，选择“开户银行”“银行账号”等信息，点击【申请退库】。
五、系统弹出提示框，点击【提交】。完成后系统将推送至税务机关及国库审核，审核通过后，申请的手续费将退到扣缴义务人办理退付手续费时选择的银行账户内。
根据《国家税务总局 财政部 中国人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》(税总财务发〔2023〕48号)规定，代扣、代收扣缴义务人和代征人应于每年3月31日前，向税务机关提交上一年度“三代”税款手续费申请相关资料，因“三代”单位或个人自身原因，未及时提交申请的，视为自动放弃上一年度“三代”税款手续费。
根据《中华人民共和国个人所得税法》第十七条规定，对扣缴义务人按照所扣缴的税款，付给百分之二的手续费。
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